Magellan-Pinguin auf Magdalena Island

Das Klima der Isla Magdalena weist eine Jahresdurchschnittstemperatur von 6 bis 8 °C und die außergewöhnlich große Niederschlagsmenge von etwa 4.000 mm pro Jahr auf.
Der Park ist ausschließlich auf dem Seeweg von den Häfen Puerto Cisnes bzw. Puerto Puyuhuapi aus zu erreichen. Auf der Insel existiert bis auf den Hafen an der Südspitze keine Infrastruktur, und im Park ist kein Personal anwesend.