Der Vulkankrater El Golfo wurde im Laufe der Zeit an seiner dem Atlantik zugewandten Seite durch Meeresbrandung und Erosion abgetragen. Die Ostseite zum Inselinnern hin blieb dagegen in ihrer vollen Höhe stehen. Auf diese Weise entstand der nun sichelförmige Krater, in dessen Innern sich der Charco de los Clicos gebildet hat. Der Name des Kratersees leitet sich von kleinen Weichtieren ab, die früher hier vorkamen. Die intensive grüne Farbe des Gewässers rührt von einer Algenart her.

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